Esto debido a la activación y desactivación del ahorro de energía.
Fuente de la solución:
http://www.ubuntu-es.org/?q=node/120571
solución:
Los ruidos (como un click de sonoridad grave) se producen cada vez que la tarjeta se activa/desactiva por el sistema de ahorro de energía
editar el archivo:
/etc/modprobe.d/alsa-base.conf
reemplazando el string
options snd-hda-intel power_save=10 power_save_controller=N
por
options snd-hda-intel power_save=0
y reiniciamos.
Saludos cordiales.
